针对超指数迭代（ＳＥＩ）算法收敛后均方误差大、ＳＥＩ算法和判决引导（ＤＤ）算法以硬切换方式存在性能不稳定的缺陷，通过分析分数间隔均衡器结构和性能，采用软切换方式将ＳＥＩ算法和ＤＤ算法相结合，提出了一种分数间隔超指数迭代双模式盲均衡算法．该算法用ＳＥＩ算法与ＤＤ算法同时对分数间隔盲均衡器的权向量进行调整，当由ＳＥＩ算法调整前后均衡器判决输出一致时，ＤＤ算法参与系数调整，这种软切换方式充分利用了ＳＥＩ算法能使眼图增开的良好性能和ＤＤ收敛速度快、稳态误差小的优点，避免了硬切换带来的不利影响；而采用分数间隔均衡器避免了因欠采样引起的频谱混叠，均衡器可以更有效地对信道失真进行补偿．水声信道的仿真结果，验证了算法的有效性．